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Text File  |  1995-07-26  |  1KB  |  39 lines
  1. ***********************************
  2. * Ribosomal protein L30 signature *
  3. ***********************************
  4.  
  5. Ribosomal protein L30 is one of the proteins from the large ribosomal subunit.
  6. L30 belongs to a family  of ribosomal proteins which, on the basis of sequence
  7. similarities [1], groups:
  8.  
  9.  - Eubacterial L30.
  10.  - Archaebacterial L30.
  11.  - Fungi L7 (YL8).
  12.  - Drosophila L7.
  13.  - Slime mold L7.
  14.  - Mammalian L7.
  15.  
  16. L30 from  eubacteria are  small  proteins   of  about  60 residues, those from
  17. archaebacteria are proteins of about 150 residues.  Eukaryotic L7 are proteins
  18. of about  250  to  270 residues.  The schematic relationship between the three
  19. groups of proteins is shown below.
  20.  
  21. Eub. L30                         NxxxxxxxxxxC
  22. Arc. L30                         NxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxC
  23. Euk. L7      NxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxC
  24.                                   *******
  25.  
  26. '*': position of the pattern.
  27.  
  28. The  signature  pattern  for  this  family of  ribosomal  proteins  spans  the
  29. N-terminal half of the region common to all these proteins.
  30.  
  31. -Consensus pattern: [LIVM]-[LIVMT]-x(2)-[RKAP]-[GS]-x(6,8)-[KDN]-x(3)-[LIVMT]-
  32.                     [LIVM]-x(2)-[LIVMF]-x-[LIVM]-x(2)-[LIVMT]-x(3)-[LIVMT]
  33. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  34. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 6.
  35. -Last update: June 1994 / Text revised.
  36.  
  37. [ 1] Mizuta K., Hashimoto T., Otaka E.
  38.      Nucleic Acids Res. 20:1011-1016(1992).
  39.